使用できていたポケモンが使えなくなってしまいました。何故でしょうか？

「トライアルライセンス（時計のアイコン）」は、一定の期間のみ使用可能なライセンスです。

ポケモンを永続的に使用するためには「ユナイトライセンス」を入手する必要があります。
ユナイトライセンスの入手方法の詳細はこちらをご確認ください。